Desde el castillo de Peracense se domina todo el valle del Jiloca. Quizás por eso el lugar ha estado habitado desde la Edad de Bronce (hace unos 3300 años), aunque su época de mayor esplendor fue en el siglo XIV, cuando tuvo lugar la llamada Guerra de los Dos Pedros.
Por aquel entonces, el cercano cerro de San Ginés era el límite entre los reinos de Aragón y Castilla, los señoríos de Albarracín y Molina de Aragón y las comunidades de aldeas de Teruel y Daroca. Y esta fortaleza rojiza mimetizada con la roca era la mejor atalaya para vigilar la frontera.
Tras la unión de las coronas de Aragón y Castilla, la tensión política en la zona se rebajó notablemente. Como consecuencia, la función defensiva del castillo pasó a un segundo plano y con el devenir de los tiempos tuvo otras utilidades, como la de prisión o cuartel militar.
A finales de los años ochenta del pasado siglo, el Gobierno de Aragón comenzó su restauración. También se realizaron excavaciones arqueológicas que sacaron a la luz objetos pertenecientes a diversas épocas de su vasta historia.